2025/10/7
お知らせ
年末調整の控除証明書電子交付サービス(マイナポータル連携)についてのメリット・デメリット・手順解説
今年も10月となり年末調整の時期が迫ってきました。年末調整の時期、控除証明書の収集や入力は面倒な作業ですよね。特に複数の控除がある場合、書類を揃えるだけでも一苦労です。しかし、マイナポータルと連携した「控除証明書電子交付サービス」を利用すれば、この煩雑な作業を大幅に簡略化できます。控除証明書電子交付サービスの概要と利用方法、そして実際に利用した上でのメリット・デメリットを詳しく解説します。煩雑な年末調整を少しでも楽にしたい方、ぜひ参考にしてみてください。
事前準備
マイナンバーカードの取得
マイナポータル利用者登録
e-私書箱アカウント作成 (マイナポータルにログイン後、「もっとつながる」から開設できます。)
必要となるもの
マイナンバーカード
マイナポータルアプリ
パソコン利用の場合:パソコン、ICカードリーダライタ
スマートフォン利用の場合:スマートフォン
マイナポータルにおける年末調整の事前準備

マイナポータルにログイン後トップページから、年末調整メニューを選択します。
年末調整の事前準備画面の「事前準備をはじめる」ボタンを押します。
取得したい証明書等を選択します。
連携状況リストで外部サイトの連携状態を確認します。
証明書等発行サイトと連携します。
控除証明書電子交付サービス利用者登録
上記の準備ができたら、各保険会社の「控除証明書電子交付サービス」サイトから手続きをします。
メールアドレス登録: メールアドレス登録画面からメールアドレスを入力すると、お申し込み用URLが記載されたメールが届きます。
マイナンバーカード読み取り: マイナンバーカードをICカードリーダライタ(または対応スマートフォン)で読み取ります。利用者証明用電子証明書パスワード(4桁の数字)が必要です。システムによって、契約者確認のため、マイナンバーカードから契約者基本情報(氏名、住所、生年月日、性別)が読み取られます。券面事項入力補助用パスワード(4桁の数字)が必要です。
契約者情報入力: お客様情報を入力し、利用申込みを行います。
申込完了: 各保険会社にて契約者確認が行われます(1日~数日かかる場合があります)。
利用者登録完了: 登録完了メールが届きます。メールに記載されたURLからログインしてください。
e-私書箱連携
控除証明書電子交付サービスへのログイン: 利用者登録(本登録)完了メールに記載のURLから控除証明書電子交付サービスのトップ画面にアクセスし「ログイン」をクリックします。
マイナンバーカード読み取り:マイナンバーカードをICカードリーダライタ(または対応スマートフォン)で読み取ります。利用者証明用電子証明書パスワード(4桁の数字)が必要です。
e-私書箱へのログイン:
「e-私書箱連携を行いますか?」のポップアップウインドウで「はい」をクリックします。
電子ポスト画面で「e-私書箱につなぐ」をクリックします。
e-私書箱ログイン画面で「すでにアカウントをお持ちの方はこちら」をクリックし、ログイン方法選択画面よりログインします。
e-私書箱アカウント作成時に登録された情報を使用します。
e-私書箱連携:
企業連携同意にチェックを入れて「連携」をクリックし、次に表示される画面で連携済サービスとなっていることを確認します。
控除証明書電子交付サービスにおける年末調整・確定申告に向けたお手続きは完了です。電子交付が行われるまでお待ちいただき、マイナポータルよりご照会ください。
まとめ
最初の設定には多少の手間がかかりますが、一度設定が完了すれば、控除証明書が交付された後に年末調整システムにアップロードするだけで簡単に登録が完了します。
ただ、年末調整システムによっては電子交付に一部対応していないものがあります。実際、わたしが使用しているシステムはiDeCoなどの小規模企業共済等掛金控除と社会保険料控除は電子交付に対応していませんでした。また生命保険料控除でもわたしが加入していた保険会社の団体加入のものは申し込みをしても、「申込いただいた内容から契約が確認できませんでした」とのメールがあり保険会社のサービスセンターに問い合わせしたところ、個人加入の保険しか対応していないとのことでした。以上のように一部制限はあるものの、利用できる控除があるなら利用をおすすめします。今後のシステム改善によって、より多くの保険商品が対応されることを期待します。
